キリスト教主義学校(きりすときょうしゅぎがっこう、英: Christian school)は、キリスト教の教えを教育理念とし設立され、運営されている私学をいう。
学校の管理・運営者をキリスト者とし、聖書やキリスト教学を科目として教え、礼拝などのキリスト教活動を学校行事とすることで、キリスト教の感化を及ぼすことを目的としている。なお、カトリック系学校はプロテスタント系学校と区別するため、「カトリック学校」と呼ぶ場合がある。
多くのキリスト教主義学校は、明治維新直後に欧米諸教会の伝道局(ミッションボード)により設立されたことから、「ミッションスクール」「ミッション系」と呼ばれていた。その後、日本人キリスト者による自主運営に移管され、ミッションからの独立が進んだ今日でも、キリスト教系学校の総称として「ミッションスクール」が定着している。
聖書の教育に加え、語学(プロテスタント系学校は英語、カトリック系学校は仏語)、音楽、世界史などの特徴ある教育を行い、特に婦女子に対する教養教育については開拓的役割を得た。
明治から大正へと時代が進むにつれ国家の枠組みが着々と整備され、日本の伝統思想である神道を重んじる教育が重要視されるようになった。この風潮の中では西洋文化を範とした教育を成すキリスト教主義学校は困難な学校運営を強いられ、建学の精神の象徴でもある「神学部」の廃止や「学校礼拝」の禁止等、政府による厳しい統制化におかれた。
現在では、キリスト教主義学校の多くが、幼稚園から大学までを有する総合学園となっている。また、プロテスタント系学校は高等教育機関が多く、カトリック系学校は初等教育機関が多い特徴がある。
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